DIAプロテオーム解析受託サービス

委託業務実施機関元　公益財団法人かずさDNA研究所　供給元　　株式会社かずさゲノムテクノロジーズ

DIAプロテオーム解析受託サービス

サービス概要

2022年11月　高速DIAプロテオーム解析の開始、ならびに作業効率化による一部メニューのさらなる値下げを実現しました。
従来のプロテオーム解析はトランクリプトーム解析と比較すると分析深度が低く、3,000～5,000種類のタンパク質しか観測することができませんでした。これでは様々な分野で着目されることの多いキナーゼや転写因子などの微量タンパク質を観測するには不十分であり、さらなる分析深度の拡大が期待され続けてきました。本サービスの解析を担うかずさDNA研究所では次世代プロテオミクスと称されている分析深度、定量性に優れたDIAプロテオミクス技術を独自に最適化し、さらに最新鋭の質量分析計で測定することにより、哺乳類培養細胞から最大10,000種類のタンパク質を同定・比較定量を行えるシステムを構築しました（観測できるタンパク数はサンプルの種類に依存）。当受託ではこの最新鋭のシステムを用いた世界最高峰のプロテオーム解析を提供いたします。

DIA解析の優れた点

分析深度

MS1 で検出されたペプチドピークを選択してMS2解析を行うのではなく、MS1 の全m/z レンジを細かく区切りながら連続的にMS2 を取得します。これによって、ピーク強度の低いペプチドを含めてMS1 で観測されたすべてのペプチドピークに対してMS2 を取得できるため、微量タンパク質・ペプチドの検出が可能で分析深度の高い測定が可能です。

定量性

定量解析では実際にペプチドの同定に使われたMS2 ピークを用いて定量値を算出するため、DDAプロテオーム解析のように分子量が類似するペプチドが同じ溶出時間に検出されても区別することが可能であり、ピークの取り間違えが起きづらく、正確な定量値を導き出すことができます。

解析メニュー納品物ご注文の流れサンプル送付方法お問合せ・お見積り

● 使用機器: Orbitrap Exploris 480 [Thermo Fisher Scientific社]; Q-Exactive HF-X [Thermo Fisher Scientific社]
● 本サービスはタンパク質配列が解析されている生物種を対象としたものです。

本サービスに関する技術記事

参考文献

測定メニューごとの分析深度

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測定メニュー	観測できるタンパク質の数（目安）	用途
高速DIAプロテオーム解析	3000～5000 （他社受託サービスレベル）	化合物スクリーニングや臨床検体など多検体サンプルを対象したプロテオーム解析＊50検体以上のみ対応可能（こちらの文献で開発した高速プロテオーム解析をベースとした受託分析）
簡易DIAプロテオーム解析	7000～8000	サンプル中の主要なタンパク質を対象としたプロテオーム解析
標準DIAプロテオーム解析	8000～9000	疾患、薬剤、環境などによるタンパク質変動を詳細に捕えるためプロテオーム解析
高深度DIAプロテオーム解析	9000～10500	様々な生命現象の主要制御因子が豊富に含まれる超低発現領域まで分析対象とする世界最高峰のプロテオーム解析（参考文献[3]の分析方法をさらに改良し、より安定した分析を実現）

高深度DIAプロテオーム解析を実施する意義

左図は高深度DIA プロテオーム解析によって解析されたHEK293細胞中のタンパク質発現量のダイナミックレンジを示しています。本解析ではHEK293細胞から10,000種類以上のタンパク質を安定して観測することができ、世界最高峰のプロテオーム解析結果を得ることができています（同定の閾値：Protein FDR < 1%, Precursor FDR < 1%）。また、低発現なタンパク質として知られるキナーゼならびに転写因子の観測数は分析深度が拡大されるとともに増加し、高深度DIAプロテオーム解析ではキナーゼが574種類、転写因子が1655種類まで観測することに成功してます。
　様々な生命現象のマスターレギュレーターが含まれる微量タンパク質まで網羅的に解析するには当受託の高深度DIA プロテオーム解析に大きなアドバンテージがあります。

解析メニュー

＊取得データ量は目安の数値であり、それらのデータ量を保証するものではありません。

DIAプロテオーム解析（発現タンパク質の同定と相対定量解析）

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●作業内容　タンパク質抽出^＊＋トリプシン消化＋質量分析（同定ならびに相対定量解析）
＊サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
簡易DIAプロテオーム解析	7000-8000タンパク質	タンパク質量：10 ug以上目安: 細胞 1×10⁵以上, 組織 0.1 mg以上	1～5	4週間〜	¥ 131,000
			6～10		¥ 125,000
			11~23		¥ 120,000
			24～		お問い合わせください
標準DIAプロテオーム解析	8000-9000タンパク質		1～5	4週間〜	¥ 216,000
			6～10		¥ 207,000
			11~23		¥ 198,000
			24～	お問い合わせください
高深度プロテオーム解析	9000-10500タンパク質		1～5	4週間〜	¥ 320,000
			6～10		¥ 307,000
			11~23		¥ 294,000
			24～	お問い合わせください

多検体専用メニュー

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●作業内容　タンパク質抽出^＊＋トリプシン消化＋質量分析（同定ならびに相対定量解析）
＊サンプルが凍結培養細胞、凍結組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
高速DIAプロテオーム解析	3000-5000タンパク質	タンパク質量：10 ug以上目安: 細胞 1×10⁵以上, 組織 0.1 mg以上	50～80	6週間〜	¥ 64,000
			81～160	8週間〜	¥ 64,000
			161～	要相談	¥ 64,000

DIAリン酸化プロテオーム解析（リン酸化タンパク質の同定と相対定量解析）

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●作業内容　タンパク質抽出^＊＋トリプシン消化＋リン酸化ペプチド濃縮＋質量分析
＊サンプルが凍結培養細胞、凍結組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。
●接着細胞回収用推奨プロトコルはこちら　＊浮遊細胞用プロトコルはございません
DIAリン酸化プロテオーム解析（標準・高深度）＋DIAプロテオーム解析（簡易・標準・高深度）セットでご依頼の場合は総額から10%off
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
標準DIAリン酸化プロテオーム解析	10000-20000リン酸化ペプチド断片	“タンパク質：500ug以上目安: 細胞 5×10⁶以上, 組織 5 mg以上	1～5	4週間〜	¥ 343,000
			6～10		¥ 300,000
			11～23		¥ 291,000
			24～	お問い合わせください
高深度DIAリン酸化プロテオーム解析	20000-30000リン酸化ペプチド断片		1～5	4週間〜	¥ 457,000
			6～10		¥ 403,000
			11～23		¥ 379,000
			24～	お問い合わせください

DIAによるゲル中タンパク質の高感度同定解析

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●作業内容　ゲル内消化（トリプシン消化）+ 質量分析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
LC-MS/MS（DIA）	―	タンパク質バンドが検出できていれば可能	1～5	4週間〜	¥ 48,000
			6～15	4週間〜	¥ 46,000
			16～	お問い合わせください

DIAによるアフィニティ精製試料中のタンパク同定と相対定量解析 (AP-MS)
アフィニティ精製: 免疫沈降、プルダウン、ビオチンアフィニティー精製など

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●作業内容　免疫沈降したサンプルの前処理+トリプシン消化＋質量分析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
提出サンプル:ビーズ（推奨プロトコル参照）＊作業工程が少ないことで前処理のバラツキを抑え、低コスト化を実現	ー	2〜3 μgの抗体で免疫沈降したタンパク質（オンビーズ法による推奨プロトコルあり）プロトコルのダウンロード	1～5	4週間	¥ 144,000
			6～10		¥ 138,000
			11～23		¥ 132,000
			24～	お問い合わせください
提出サンプル:溶出物（アフィニティー精製処理した溶出物）			1～5	4週間	¥ 192,000
			6～10		¥ 184,000
			11～23		¥ 176,000
			24～	お問い合わせください
提出サンプル:細胞ペレット(ビオチンラベルタンパク質） (BIo-ID, Trubo-ID細胞サンプル)の精製から対応		タンパク質：100ug以上目安: 細胞 1×10⁶以上	1～5	4週間	¥ 201,000
			6～15	4週間	¥ 195,000
			16～	お問い合わせください

オプション

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●作業内容　サンプルの溶液の種類、液量、濃度により限外ろ過、TCA沈殿、C8カラムを使用
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
タンパク質濃縮（タンパク濃度100 ng/uL以下は濃縮を推奨）	ー	ー	1	納期に影響せず	¥ 13,000

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●作業内容　カラムによる除去+クリーナップ処理
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
ヒト血清/血漿高存在量タンパク質14種類除去	―	血清/血漿 10 µL以上	1	納期に影響せず	¥ 32,000
マウス・ラット血清/血漿アルブミン・IgG除去		血清/血漿 10 µL以上	1		¥ 32,000
ヒト・マウス・ラット以外血清/血漿アルブミン除去 & クリーナップ処理		血清/血漿 10 uL以上, FBS含有培養上清 300 uL以上	1		¥ 32,000
LEL濃縮法（特許申請中）* DIAプロテオーム解析（高深度コース）で血清から 4000タンパク質、血漿から6000タンパク質検出		血清/血漿 25 uL以上	1		¥ 40,000

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●作業内容　疎水性タンパク質濃縮、かつ、親水性タンパク質（ヘモグロビン、アルブミン、グロブリンなど）除去
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
乾燥ろ紙血（DBS）からの難溶性タンパク質抽出	ー	DBS 直径 1.2 cm程度のディスク1枚分以上	1	納期に影響せず	¥ 32,000

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●作業内容　ホルマリンによる分子架橋を解き、タンパク質抽出
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織からのタンパク質抽出	ー	厚さ:10～20 μm、表面: 50 mm² 以上（ホルマリン固定時間が48時間以下のサンプルのみお引き受け可能）	1	納期に影響せず	¥ 32,000

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解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
ゲルの切り出し	ー	ー	1	納期に影響せず	¥ 7,000

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●作業内容　質量分析
●データ納品後、2週間以内にお申込み、4週間以内に発注を行ってください。
解析メニュー		取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
解析アップグレードデータ納品後、同じサンプルを使用して高深度解析を実施	簡易DIA→標準DIA	7,000～8,000 → 8,000～9,000 （タンパク質）	追加のサンプルは不要です。	1～5	4週間〜	¥ 170,000
				6～10		¥ 155,000
				11以上		¥ 144,000
	標準DIA→高深度DIA	8,000～9,000 → 9,000～10,500 （タンパク質）		1～5		¥ 217,000
				6～10		¥ 190,000
				11以上		¥ 176,000
	標準DIAリン酸化→高深度DIAリン酸化	10,000～20,000 → 20,000～30,000 （リン酸化ペプチド断片）		1~5		¥ 217,000
				6～10		¥ 190,000
				11以上		¥ 176,000

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●作業内容　質量分析
●1測定追加するごとに料金を加算（検体数に応じた割引はありません）
解析メニュー		取得データ目安	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
同一サンプル繰り返し測定	DIA簡易DIAプロテオーム解析	一度測定したサンプルを再度測定するサービスです。追加のサンプルは不要です。	1	納期に影響せず	¥ 48,000
	標準DIAプロテオーム解析		1		¥ 72,000
	高深度DIAプロテオーム解析		1		¥ 96,000
	DIAリン酸化プロテオーム解析		1		¥ 72,000
	高深度DIAリン酸化プロテオーム解析		1		¥ 96,000

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●作業内容　geneXplain platform
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	データ解析数
データ解析(GO解析, Pathway解析, Upstream解析) ※1群n3以上の群間比較解析のみご利用可能です。 ex. 対照群 (n=3) vs 実験群 (n=3)）	ー	+1週間〜	データ解析数 1〜2	¥ 102,000
		+2週間〜	3〜5	¥ 94,000
		+3週間〜	6以上	¥ 87,000

【DDA】４Dプロテオミクス技術によるペプチドーム解析

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●作業内容　質量分析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
timsTOF HTによる解析	ー	タンパク質：500 ug以上目安: 細胞 5×10⁶以上, 組織 5 mg以上	1～5	要相談	¥ 268,000
			6～15		¥ 260,000
			16～		お問い合わせください

【DDA】４Dプロテオミクス技術によるSILAC法による比較定量解析

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●作業内容　質量分析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
timsTOF HTによる解析	ー	タンパク質量：10 ug以上目安: 細胞 2×10⁵以上, 組織 0.2 mg以上	1～5	要相談	¥ 268,000
			6～15		¥ 260,000
			16～		お問い合わせください

納品物

MS測定データ (.rawファイル)、タンパク質同定・相対定量解析データ（解析ソフトウェア DIA-NN で出力されるデータ）、観測されたタンパク質名、タンパク質の定量値などを記載したリスト（Excel ファイル）をHDD、DVD-R またはUSB メモリスティックに収納して納品いたします。

ご注文の流れ

お問い合わせ・お見積りフォームに必要事項を記入し送信

お打ち合わせ、お見積り兼発注書・解析依頼書の受け取り

販売店に発注　解析依頼書にサンプル情報を記入し送付(Email)

サンプル送付(印刷した解析依頼書を同梱)

お問合せ・お見積り

サンプル送付方法

必要サンプル量は各メニューの記載をご参照ください。
サンプルが必要量以下の場合、分析をお引き受けすることは可能ですが、サンプル量が少量になると伴って観測できるタンパク質も減少します。また、1回分の分析量しか得られなかった場合にマシントラブル等で十分な測定結果が得られなかったときは無償で再測定は行いますが、サンプルの補償はできません。サンプルが必要量あるかどうか分からない場合でも、こちらでタンパク定量を行い、必要量以下のときはお客様にご連絡するようにしております。
サンプルチューブは弊社から送付いたしますエッペンドルフ社の Safe-Lock Tube（カタログ No. 0030120086）を推奨しております(特に微量サンプルの場合は強く推奨)。チューブはオートクレーブしていないものをご使用ください。
ゲルサンプルの場合はケラチンなどのコンタミが確認される場合が多くあります。
　電気泳動、染色、切り出しなど必ず手袋をして実験者由来のコンタミが入らないように注意してください。
　また、ゲルの切り出しはバンド以外のゲルが極力入らないように切り出してください。ゲル体積が増えると非特異的吸着も増え、損失を招くことになります。
サンプル送付前にサンプル情報を記載した解析依頼書（Excelファイル）をメールにてお送りください。
　サンプル送付時にはプリントアウトした解析依頼書を同梱してください。

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＊長期保存の場合はスクリュータイプのしっかりと密閉できるチューブを推奨します。
＊液体窒素がない場合は速やかに-80℃で凍結してください（金属ブロックなどがあれば、事前に-80℃に入れ、そこにサンプルを置いて急速に凍結させることを推奨）

その他のサンプル詳細につきましてはお問合せください。
サンプル	ご提供サンプル	送付方法
培養細胞	培地を除去後、PBSにて2回洗浄し、チューブに入れて液体窒素で凍結^＊	ドライアイスを同梱し冷凍便
組織	取り出した組織をPBSにて血液を除去し、チューブに入れて液体窒素で凍結^＊	ドライアイスを同梱し冷凍便
タンパク質抽出物	チューブに入れて液体窒素で凍結^＊	ドライアイスを同梱し冷凍便
血漿・血清	チューブに入れて液体窒素で凍結^＊	ドライアイスを同梱し冷凍便
培養上清	500ｘｇ、5分程度の弱い遠心で細胞を除去し、さらに 15,000xg 10分程度の遠心で細胞片などを除去した上清をチューブに入れて液体窒素で凍結^＊	ドライアイスを同梱し冷凍便
ゲル片（CBB染色、質量分析用銀染色、他）	切り出したゲルをチューブに入れてパラフィルムを巻く	保冷剤を同梱し冷蔵便
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織	弊社から送付いたしますエッペンドルフ社のセーフロックチューブに入れてパラフィルムを巻く（ホルマリン固定時間が48時間以下のサンプルのみ受託を引き受けることが可）	常温便

解析依頼書送付先： otoiawase@kazusagt.com

サンプル送付先

〒292-0818
千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
株式会社かずさゲノムテクノロジーズ
Tel: 0438-52-2001
＊注意：平日に到着するようご指定ください。