Promega info FFPEから次世代シーケンス(NGS)グレードのゲノムDNAを抽出するために

Promega Info 慶應義塾大学病院は2018（平成30）年2月に“がんゲノム医療中核拠点病院”として厚労省の認定を受けました。 自費診療による受託臨床検査として160遺伝子の異常を調べる「PleSSision検査」を2017(平成29)年11月から導入 し、2018年（平成30年）8月からは院内で腫瘍の切除を行う20 歳以上の方を対象とした臨床研究「次世代統合的病 理・ 遺伝子診断法の開発」として「PleSSision-Ｒapid検査」も開始しました。 現在では、ひと月約150検体のがんゲノム解析を行っており、約35のがんゲノム医療連携病院とともにがん患者様 に有用なゲノム情報をフィードバックしています。 プロメガ株式会社 FFPEから次世代シーケンス（NGS）グレードのゲノムDNAを抽出するために Maxwell RSC DNA FFPE Kit (カタログ番号 AS1450) FFPE検体からのDNA抽出専用キット Maxwell RSC Instrument (カタログ番号 AS4500) 磁気ビーズを用いた 自動核酸抽出装置 NGSは患者の核酸塩基配列を1塩基ずつ読み取り、遺伝子の変異を見つけ出します。検査感度が非常に良いた め、少量の検体からでも検査は可能です。 しかし、検体の品質が不良の場合は解析困難や正確な解析結果が得られない可能性が高くなるため、ゲノムDNA の品質が重要となります。 またFFPEはホルマリン固定によるDNAダメージもあるため、いかに高品質かつ高純度なDNAを抽出するかが肝とな ります。 ゲノム医療ユニットでは、高品質かつ高純度なDNAを抽出するために Maxwell RSC Instrumentとその専用試薬であるMaxwell RSC DNA FFPE Kitを採用しています。 慶應義塾大学 医学部 腫瘍センター ゲノム医療ユニット スタッフ がんゲノム医療中核拠点病院 慶應義塾大学医学部 腫瘍センター ゲノム医療ユニット 西原広史 先生 ・ 柳田絵美衣先生 ・ 山田寛先生 がんパネル解析のコツ – DNA抽出編 FFPEからのDNA抽出においては、高純度かつPCR阻害を受けないDNAを得るために、 図のように脱パラフィン・組織溶解・脱クロスリンク・RNA除去などの前処理が重要です。 Maxwell RSC DNA FFPE Kitには、それぞれに最適な試薬がすべて含まれています。 さらに、ライセートに含まれるDNAを単離するために、広く使われているスピインカラム法に対して、 Maxwellでは、磁気(シリカ)ビーズ法を採用しています。 製品名 ｶﾀﾛｸﾞ番号 サイズ 定価（￥） 機器 Maxwell RSC Instrument AS4500 1台 2,800,000 試薬 Maxwell RSC DNA FFPE Kit AS1450 48回分 43,000 ① キット内の試薬を用いて前処理 ② 処理後の核酸溶液を装置にアプライするだけ ③ 自動で核酸を抽出（自動抽出時間：41分） 用手法での煩雑な作業に費やす時間と手間を大幅削減！ 基本的に抽出する原理は同一ですが、 磁気(シリカ)ビーズ法はスピンカラム法でみられる “目詰まり”がなく、高い洗浄力を示すため、 純度や濃度の高いDNAを得ることが可能です。 ＊DIN：DNAの断片化を表す指標. 断片化が進む程、小さい値を示す. 磁気（シリカ）ビーズ法とスピンカラム法の比較 磁気（シリカ）ビーズ法 Maxwell RSC DNA FFPE Kit スピンカラム法 お問合せ先 プロメガ株式会社 Maxwell RSC 検索 www.promega.jp TEL. 03-3669-7981 E-mail: PKKIS@promega.com Promega Info